Life Sciences NGS Analysis
Begeleide NGS-routering en lokale uitvoering van sequencinganalyses
- Capaciteiten
- Interactive, Read, Write
- Categorie
- Onderwijs
- Ontwikkelaar
- OpenAI
- Website
- (opent in een nieuw venster)
Hoe het werkt
Een plug-in voor begeleide intake, routering en uitvoering van workflows voor sequencing van de volgende generatie. De plug-in helpt Codex lokale sequencinginvoer te inspecteren, alleen ontbrekende assayspecifieke vragen te stellen, waar mogelijk openbare of vrij toegankelijke pakketten te kiezen die tijdens runtime kunnen worden geïnstalleerd, vóór installatie te controleren of tools al beschikbaar zijn en ondersteunde lokale workflows uit te voeren met validatie, logboeken, manifesten, QC-rapporten en artefactindexen. De plug-in biedt diepgaande beslissingsondersteuning voor BCL-demultiplexing, uitvoering en interpretatie van FASTQ-QC, kiembaan-, somatische en UMI-panel-DNA-varianten, het genereren van tellingen en differentiële expressie voor bulk-RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag en ingebouwde QC na telling voor scRNA-seq.
Wat kun je nog meer doen?
Sequencingkwaliteit beoordelen
NGS-analyse voor biowetenschappen: inspecteer deze sequencinginvoer en verduidelijk het analysedoel. Kies een ondersteunde QC-workflow, controleer de vereisten en interpreteer de voltooide rapporten met de opgeslagen artefacten.
RNA-sequencinganalyse plannen
NGS-analyse voor biowetenschappen: beoordeel de invoer en opzet van dit bulk-RNA-seq-onderzoek. Adviseer een ondersteunde analyseworkflow, bepaal welke metadata ontbreken en leg uit welke controles vóór uitvoering nodig zijn.
Sequencingresultaten interpreteren
NGS-analyse voor biowetenschappen: beoordeel deze voltooide resultaten van sequencinganalyses. Vat kwaliteitsproblemen en resultaten samen, maak onderscheid tussen bevindingen en aannames en verwijs naar de ondersteunende bestanden.
Wat is inbegrepen
Skills
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 meer
Resources
De Life Sciences NGS Analysis-plug-in toevoegen in een paar klikken
De beschikbaarheid hangt af van de plug-in, je abonnement en de instellingen van je werkruimte. Voor sommige verbindingen is configuratie of goedkeuring door een beheerder vereist. Neem contact op met de beheerder van je werkruimte als toegang is geblokkeerd.
Gerelateerde plug-ins verkennen
Data
Zet data om in heldere beslissingen.
Life Sciences Literature
Vind biomedische artikelen, preprints en vrij toegankelijke volledige teksten
NGS Analysis Workbench
Analyseer sequencingdata
BioRender
Figuren zoeken en maken
Documents
Documenten maken en bewerken
Zotero
Vind artikelen en voeg bronverwijzingen uit Zotero toe
