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仕組み
次世代シーケンシングのワークフローに対応し、受付、振り分け、実行をガイドするプラグインです。Codex によるローカルのシーケンシング入力の確認、アッセイ固有の不足情報のみの質問、可能な場合の公開または無料で利用できる実行時インストール可能パッケージの選択、インストール前の既存ツールの確認を支援します。さらに、検証、ログ、マニフェスト、QC レポート、成果物インデックスを伴う、対応ローカルワークフローを実行できます。BCL のデマルチプレックス、FASTQ の QC 実行と解釈、生殖細胞系列・体細胞・UMI パネルの DNA バリアント、バルク RNA-seq のカウント生成と差次的発現解析、ATAC-seq、ChIP-seq／CUT&RUN／CUT&Tag、カウント後の scRNA-seq QC に関する高度な意思決定機能も備えています。
ほかにできること
シーケンシング品質の確認
ライフサイエンス NGS 解析：これらのシーケンシング入力を確認し、解析目的を明確にしてください。対応する QC ワークフローを選び、前提条件を確認して、保存済みの成果物とともに完成したレポートを解釈してください。
RNA シーケンシング解析の計画
ライフサイエンス NGS 解析：このバルク RNA-seq 研究の入力と設計を確認してください。対応する解析ワークフローを提案し、不足しているメタデータを特定して、実行前に必要なチェックを説明してください。
シーケンシング結果の解釈
ライフサイエンス NGS 解析：完了済みのシーケンシング解析の出力を確認してください。品質上の問題と結果を要約し、確認された知見と仮定を区別して、根拠となるファイルを参照してください。
含まれる内容
スキル
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
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リソース
数回のクリックでLife Sciences NGS Analysisプラグインを追加
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