À l’intérieur de Genebench-Pro
Examen approfondi du référentiel, de ses questions et des documents d’accompagnement.
Ces 10 études de cas présentent des questions représentatives tirées de GeneBench-Pro. Chaque étude de cas comprend l’invite d’origine, les ensembles de données et les documents d’accompagnement. Pour un aperçu de l’étude comparative et de ses principales conclusions, consultez le blogue de l’annonce.
Remarque : les aperçus des fichiers présentent des extraits des ensembles de données complets.
Évaluer si un inhibiteur synthétique ciblant TXR1 présente une utilité clinique positive dans les tumeurs dont l’activation de la cible est induite par une variante structurelle. Les étiquettes TXR1, TXR1i, DLR1 et des allèles étoilés sont des étiquettes synthétiques utilisées aux fins du banc d’essai.
Le sous-groupe cible doit être identifié à partir des données issues des séquences longues, de l’expression génique, de la qualité tumorale et de la pharmacogénomique avant que les bénéfices et la toxicité puissent être interprétés en vue d’une décision thérapeutique.
Invite de sortie présentée au modèle
Fichiers fournis au modèle
Déterminer si une dépendance apparente à un lncARN est spécifique au transcrit ou si elle est attribuable à des effets du locus voisin et des gènes voisins.
Les données probantes axées sur les transcrits doivent rester robustes après contrôle de la perturbation locale du locus d’ADN, de la répression des gènes voisins, des échanges de guides, de la toxicité liée au GC et des effets de plaque.
Invite de sortie présentée au modèle
Fichiers fournis au modèle
Estimer les effets directs sur la maladie de deux protéines voisines à l’aide de la randomisation mendélienne multivariée en cis (cis-MVMR), tout en tenant compte de l’échelle des analyses, de l’orientation allélique, du biais du gagnant, du déséquilibre de liaison et de la pléiotropie locale résiduelle.
Ces deux protéines partagent un locus corrélé. L’analyse doit passer de l’étude des associations marginales à celle des effets conditionnels de la maladie, tenant compte de la liaison génétique (LD), à l’échelle d’une protéine commune.
Invite de sortie présentée au modèle
Fichiers fournis au modèle
Estimer les fréquences de porteurs propres à chaque lignée, le risque résiduel après un dépistage négatif, la fréquence de porteurs chez le partenaire et le risque de conception d’un fœtus atteint à partir des données issues des tests de dépistage des porteurs.
L’estimation du risque résiduel dépend de l’identification des porteurs tenant compte des pseudogènes, de l’effondrement des haplotypes fondateurs, de l’étalonnage des tests en fonction de l’ascendance et de la normalisation des résultats des partenaires testés par rapport à l’ensemble des partenaires.
Invite de sortie présentée au modèle
Fichiers fournis au modèle
Évaluer l’effet du génotype sur l’expression des monocytes activés après élimination de l’ARN ambiant et des contaminations techniques des données de séquençage d’ARN unicellulaire.
L’ARN ambiant influe à la fois sur l’expression des gènes cibles et sur le panel de marqueurs utilisé pour déterminer l’état d’activation; il est donc nécessaire de procéder à une correction avant d’appliquer le modèle eQTL.
Invite de sortie présentée au modèle
Fichiers fournis au modèle
Estimer si un sous-haplotype structural imbriqué au sein d’un locus anonyme de type inversion présente une association clinique bien calibrée et des données d’expression crédibles.
Un signal de dosage par copie imbriqué peut être faussé par l’orientation plus générale de l’inversion; il convient donc de maintenir une distinction entre l’étalonnage du dosage, la validation de l’expression et la modélisation clinique.
Invite de sortie présentée au modèle
Fichiers fournis au modèle
Quantifier la différence de force des boucles Hi-C entre le cas et le témoin après avoir éliminé les artefacts liés à la faible mappabilité et aux variantes structurelles du bruit de fond des contacts attendus.
La boucle cible est définie à une résolution de 20 kb, mais le modèle des contacts attendus est biaisé tant que les contacts de faible mappabilité et une bande de variant structurel (SV) propre au cas ne sont pas masqués au préalable.
Invite de sortie présentée au modèle
Fichiers fournis au modèle
Cartographier un locus de caractère quantitatif (QTL) sur le chromosome 1 dans une population recombinante issue de huit lignées fondatrices en reconstituant d’abord l’ascendance des fondateurs avant de tester l’association avec le phénotype.
Les données relatives aux marqueurs visibles sont bialléliques, mais le signal biologique correspond à une ascendance fondatrice. Une analyse valable doit donc reconstituer l’état fondateur, vérifier l’orientation des marqueurs et distinguer le QTL d’un pic parasite issu de l’alignement par lots.
Invite de sortie présentée au modèle
Fichiers fournis au modèle
Inférer les proportions d’ascendance propres à chaque parent et la datation du métissage récent à partir de segments d’ascendance locale phasés, après correction des artéfacts réciproques et d’une inversion d’étiquettes propre à un chromosome.
Les proportions d’ascendance et la date du métissage sont toutes deux modifiées si les artéfacts réciproques des segments, l’inversion des étiquettes propre à un chromosome ou les dénominateurs de la carte génétique sont traités incorrectement.
Invite de sortie présentée au modèle
Fichiers fournis au modèle
Déterminer lequel de deux loci haploïdes est soumis à une sélection positive plus forte à partir de séries chronologiques anciennes de fréquences alléliques, tout en tenant compte de l’orientation allélique, des erreurs directionnelles, de la dérive génétique et des variations de la taille de la population.
Les trajectoires anciennes présentant un bruit important ne sont pas directement comparables tant que les deux loci n’ont pas été placés sur la même échelle d’allèles dérivés et que les valeurs d’erreur de séquençage au niveau des échantillons fournies n’ont pas été modélisées directement.