Life Sciences NGS Analysis
Encaminhamento orientado de NGS e execução local para análise de sequenciação
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Como funciona
Um plugin orientado para a recolha de dados, o encaminhamento e a execução de fluxos de trabalho de sequenciação de nova geração. Ajuda o Codex a inspecionar dados locais de sequenciação, colocar apenas as questões específicas do ensaio que estejam em falta, escolher, sempre que possível, pacotes públicos ou de acesso livre instaláveis em tempo de execução, verificar a disponibilidade das ferramentas existentes antes de qualquer instalação e executar fluxos de trabalho locais compatíveis, com validação, registos, manifestos, relatórios de controlo de qualidade e índices de artefactos. Inclui capacidades avançadas de decisão para desmultiplexagem de BCL, execução e interpretação do controlo de qualidade de FASTQ, variantes de ADN germinativas, somáticas e de painéis UMI, geração de contagens e expressão diferencial em RNA-seq em massa, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag e controlo de qualidade de scRNA-seq pós-contagem integrado.
O que mais podes fazer?
Rever a qualidade da sequenciação
Análise NGS de Ciências da Vida: inspeciona estes dados de sequenciação e clarifica o objetivo da análise. Escolhe um fluxo de controlo de qualidade compatível, verifica os pré-requisitos e interpreta os relatórios concluídos com os artefactos guardados.
Planear a análise de sequenciação de RNA
Análise NGS de Ciências da Vida: revê os dados e o desenho deste estudo de RNA-seq em massa. Recomenda um fluxo de análise compatível, identifica os metadados em falta e explica as verificações necessárias antes da execução.
Interpretar resultados de sequenciação
Análise NGS de Ciências da Vida: revê estes resultados de análises de sequenciação já concluídas. Resume os problemas de qualidade e os resultados, distingue as conclusões das suposições e refere os ficheiros de suporte.
O que está incluído
Competências
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 mais
Recursos
Adiciona o plugin Life Sciences NGS Analysis em poucos cliques
A disponibilidade depende do plugin, do seu plano e das definições do espaço de trabalho. Algumas ligações requerem configuração ou aprovação do administrador. Contacte o administrador do seu espaço de trabalho se o acesso estiver bloqueado.
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