Inħaffu l-iskoperta tal-antibijotiċi b’ChatGPT
Il-Prof. César de la Fuente u t-tim tiegħu qed jużaw għodod ġodda fil-ġlieda kontra r-reżistenza għall-antimikrobiċi.
“Huwa tal-għaġeb meta taħseb kemm nafu ftit u kemm għad hemm x’niskopru. Nipprova nwassal dan liż-żgħażagħ, biex nifhmuhom li l-futur huwa tagħhom. Bilkemm nifhmu xi ħaġa dwar id-dinja—u dan huwa eċċitanti, għax proprju hemmhekk tista’ tgħin ix-xjenza.” —Prof. César de la Fuente
“Għodod bħal ChatGPT qed jgħinuna nħaffu l-iskoperta xjentifika. Għal xjenzat bħali, huwa tassew post fejn nista’ nesperimenta.”
Problema li qed tikber
Il-mediċina moderna tiddependi fuq antibijotiċi effettivi, li jgħinuna nfiqu minn mard komuni, interventi kirurġiċi, ħlas u aktar. Madankollu, hemm problema li qed tikber: il-batterji li jiġġieldu l-antibijotiċi huma reżiljenti, u aktar ma nużaw antibijotiċi kontrihom, aktar jinħolqu opportunitajiet biex ir-razez reżistenti jsiru dominanti. Din tissejjaħ reżistenza għall-antimikrobiċi (AMR). Madwar 5 miljun mewta fis-sena huma assoċjati mal-AMR batterika, u dan in-numru mistenni jirdoppja sal-2050.
Antibijotiċi ġodda huma essenzjali biex jgħinu fil-ġlieda kontra l-AMR, iżda l-metodu tradizzjonali—li fih ix-xjentisti joħorġu fin-natura u jfittxu fil-ħamrija, fil-pjanti u f’materja organika oħra biex isibu molekuli attivi—jieħu ħafna żmien u jiddependi fuq ħafna provi u żbalji. Għodod bħal ChatGPT u Codex qed jippermettu lill-Prof. César de la Fuente u lit-tim tiegħu jużaw approċċ ġdid u aktar mgħaġġel biex jidentifikaw molekuli ġodda fil-ġlieda kontra l-AMR. “Nagħmlu kollox bil-ħeffa tad-dinja diġitali,” jgħid hu.
“Spiss, sakemm nixrob kikkra kafè, it-tim tiegħi jkun diġà skopra għadd kbir ta’ molekuli ġodda li jistgħu jsiru l-antibijotiku li jmiss.”
“Il-laboratorju tagħna jidħol għal proġetti ta’ riskju għoli, iżda meta jirnexxilna nwettquhom, ir-riżultati jkunu tal-għaġeb.”
—Marcelo Der Torossian Torres
“Codex huwa kopilota mill-aqwa. Meta nkun irrid nimplimenta xi ħaġa, Codex jista’ jipproduċiha f’sekonda. Jgħinni niffranka l-ħin u jippermettili nagħmel affarijiet oħra.”
—Erik Hartman
“Bħala xjenzata sperimentali, l-iżvilupp ta’ algoritmu huwa pass enormi għalija. Nista’ nuża Codex biex nikteb skritt u niżgura li d-dejta tiegħi tiġi rrappreżentata grafikament bl-istess mod f’kull esperiment.”
—Angela Cesaro
Nittrattaw il-bijoloġija bħala kodiċi
Wieħed mill-iżviluppi kbar tal-Laboratorju de la Fuente kien li ttratta din il-problema bħala problema ta’ informazzjoni: id-DNA, il-bażi tal-ħajja, huwa sempliċiment kodiċi. Għodod bħal ChatGPT jgħinuhom joħolqu algoritmi li jistgħu janalizzaw malajr is-sistemi kumplessi li jiddefinixxu d-dinja tagħna u jidentifikaw kandidati ġodda għal antibijotiċi fi ftit sigħat minflok snin.
“Issa nistgħu niskopru molekuli antibijotiċi ġodda fi ftit sigħat minflok f’ħames jew sitt snin.”
“B’Codex, persuna li qatt ma pprogrammat qabel u li ma tifhimx il-lingwa tax-xjenza tal-kompjuter issa tista’ tagħmel dan.”
—Prof. César de la Fuente
Angela taħdem fil-laboratorju sperimentali biex toħloq molekuli għall-ittestjar.
ChatGPT sar parti essenzjali mill-fluss tax-xogħol tal-Laboratorju de la Fuente. “Sar il-moħħ komuni tal-laboratorju. Jaf kif il-membri differenti tat-tim jaħsbu dwar ix-xjenza, għax naqsmu miegħu ħafna mill-ideat tagħna,” jgħid il-Prof. de la Fuente. “Jirrifletti tassew il-ħsieb tagħna: kif niġġeneraw l-ideat, l-għerf kreattiv tagħna u dak li nġibu magħna bħala bnedmin.”
Codex neħħa l-ostakli bejn il-membri tat-tim, li jvarjaw minn xjenzati tradizzjonali sa bijologi komputazzjonali u inġiniera tat-tagħlim awtomatiku. “Nies li ħames snin ilu ma kinux imissu kompjuter ħlief biex janalizzaw id-dejta issa jistgħu jaħdmu fil-bijoloġija komputazzjonali. Jistgħu jiktbu algoritmi biex jidentifikaw xejriet fid-dejta tagħhom, jew jivviżwalizzaw ir-riżultati tagħhom b’modi li qabel kienu impossibbli.”
“Il-laboratorju tagħna huwa divers ħafna: għandna kimiċi, bijologi u xjenzati tal-kompjuter. Għandna ħafna nies b’talenti differenti li qed jaħdmu f’oqsma varji.”
—Jianing Bai
Viżwalizzazzjoni tal-istrutturi molekulari li l-Laboratorju de la Fuente jfittex fuq skala kbira.
“L-IA tista’ tgħaqqad l-għarfien minn dixxiplini differenti, u b’hekk tgħinna nagħmlu mistoqsijiet aħjar u niżviluppaw metodi aħjar biex insolvu problemi tassew diffiċli.”
—Tianang Leng
“Ma nkunx qed nagħmel xogħli jekk ma nippruvawx nindirizzaw problemi enormi.”
Il-futur tal-antibijotiċi
Il-kombinazzjoni tal-għerf kreattiv tal-bniedem u l-intelliġenza tal-magni qed tgħin biex titfassal triq eċċitanti ’l quddiem fil-mediċina. “Saħansitra sentejn ilu biss, kont pessimist dwar il-kapaċità tagħna li nlaħħqu mat-tellieqa bejn l-AMR u l-kapaċità tal-umanità li toħloq molekuli ġodda,” jgħid hu. “Iżda issa, xi wħud minn dawn is-sistemi li żviluppajna dan l-aħħar b’għodod bħal ChatGPT jagħtuni ħafna aktar tama milli stennejt.” Għall-Prof. de la Fuente, dak kollu li jagħmel jaqdi għan wieħed: li jnaqqas it-tbatija u jsalva l-ħajjiet. “Ħajti kollha ili nistenna għodod li jippermettulna nagħmlu dak li nagħmlu llum.”
“Rajna li ħafna mill-molekuli li skoprejna huma tabilħaqq kapaċi joqtlu patoġeni kontemporanji.”
—Prof. César de la Fuente
“Immaġina molekula li ħloqt fuq kompjuter u li kapaċi ssalva l-ħajjiet. Naħseb li x-xjentisti jgħixu għal dawk il-mumenti meta jiskopru xi ħaġa li ħadd fl-istorja tad-dinja ma jkun skopra qabel.”