Life Sciences NGS Analysis
Orientation NGS guidée et exécution locale pour l’analyse du séquençage
- Capacités
- Interactive, Read, Write
- Catégorie
- Éducation
- Développeur
- OpenAI
Comment ça marche
Un plugin guidé de collecte, d’orientation et d’exécution pour les workflows de séquençage de nouvelle génération. Il aide Codex à examiner les données de séquençage locales, à poser uniquement les questions manquantes propres au test, à choisir si possible des paquets publics ou librement accessibles et installables à l’exécution, à vérifier la disponibilité des outils avant toute installation et à exécuter les workflows locaux pris en charge avec validation, journaux, manifestes, rapports de CQ et index des artefacts. Il inclut des capacités décisionnelles approfondies pour le démultiplexage BCL, l’exécution et l’interprétation du CQ FASTQ, les variants d’ADN germinaux, somatiques et de panels UMI, la génération de comptages et l’expression différentielle en RNA-seq en vrac, l’ATAC-seq, le ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag, ainsi que le CQ scRNA-seq post-comptage intégré.
Que pouvez-vous faire d'autre ?
Évaluer la qualité du séquençage
Analyse NGS en sciences de la vie Examinez ces données de séquençage et clarifiez l’objectif de l’analyse. Choisissez un workflow de CQ pris en charge, vérifiez les prérequis et interprétez les rapports finalisés avec les artefacts enregistrés.
Planifier l’analyse du séquençage d’ARN
Analyse NGS en sciences de la vie Examinez les données et le plan de cette étude RNA-seq en vrac. Recommandez un workflow d’analyse pris en charge, repérez les métadonnées manquantes et expliquez les contrôles requis avant l’exécution.
Interpréter les résultats du séquençage
Analyse NGS en sciences de la vie Examinez les résultats finalisés de cette analyse de séquençage. Résumez les problèmes de qualité et les résultats, distinguez les observations des hypothèses et citez les fichiers justificatifs.
Qu'est-ce qui est inclus ?
Compétences
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 de plus
Ressources
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