Life Sciences NGS Analysis
Vägledd dirigering och lokal körning av NGS-baserad sekvenseringsanalys
- Kapacitet
- Interactive, Read, Write
- Kategori
- Utbildning
- Utvecklare
- OpenAI
- Webbplats
- (öppnas i ett nytt fönster)
Så här fungerar det
En vägledande plugin för indata, dirigering och körning av arbetsflöden för nästa generations sekvensering. Den hjälper Codex att granska lokala sekvenseringsdata, endast ställa de analysspecifika frågor som saknas, välja offentliga eller kostnadsfritt tillgängliga paket som kan installeras vid körning när så är möjligt, kontrollera vilka verktyg som redan finns före installation och köra lokala arbetsflöden som stöds, med validering, loggar, manifest, kvalitetsrapporter och artefaktindex. Den omfattar även fördjupat beslutsstöd för BCL-demultiplexering, körning och tolkning av FASTQ-kvalitetskontroll, germline-, somatiska och UMI-panelbaserade DNA-varianter, generering av räknevärden och differentiellt genuttryck för bulk-RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag samt inbyggd kvalitetskontroll av scRNA-seq efter kvantifiering.
Vad mer kan du göra?
Granska sekvenseringskvalitet
NGS-analys för livsvetenskaper: Granska dessa sekvenseringsdata och förtydliga analysmålet. Välj ett arbetsflöde för kvalitetskontroll som stöds, kontrollera förutsättningarna och tolka de färdiga rapporterna med sparade artefakter.
Planera RNA-sekvenseringsanalys
NGS-analys för livsvetenskaper: Granska indata och studiedesign för den här bulk-RNA-seq-studien. Rekommendera ett arbetsflöde som stöds, identifiera metadata som saknas och förklara vilka kontroller som behövs före körning.
Tolka sekvenseringsresultat
NGS-analys för livsvetenskaper: Granska dessa färdiga resultat från sekvenseringsanalysen. Sammanfatta kvalitetsproblem och resultat, skilj belagda fynd från antaganden och hänvisa till underlagsfilerna.
Vad som ingår
Färdigheter
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 till
Resurser
Lägg till pluginet Life Sciences NGS Analysis med några få klick
Tillgängligheten beror på pluginet, ditt abonnemang och inställningarna för arbetsytan. Vissa anslutningar kräver konfiguration eller godkännande av administratören. Kontakta administratören för din arbetsyta om åtkomsten blockeras.
Utforska relaterade plugins
Data
Omvandla data till tydliga beslut.
Life Sciences Literature
Hitta biomedicinska artiklar, preprintartiklar och öppet tillgänglig fulltext
NGS Analysis Workbench
Analysera sekvenseringsdata
BioRender
Hitta och skapa figurer
Documents
Skapa och redigera dokument
Zotero
Hitta artiklar och lägg till källhänvisningar från Zotero
