Life Sciences NGS Analysis
Veiledet NGS-ruting og lokal kjøring av sekvenseringsanalyser
- Kapabiliteter
- Interactive, Read, Write
- Kategori
- Utdannelse
- Utvikler
- OpenAI
- Nettsted
- (åpnes i et nytt vindu)
Slik fungerer det
En veiledet plugin for innsamling, ruting og kjøring av arbeidsflyter for neste generasjons sekvensering. Den hjelper Codex med å inspisere lokale sekvenseringsdata, stille bare de manglende analysespesifikke spørsmålene, velge offentlige eller fritt tilgjengelige pakker som kan installeres under kjøring der det er mulig, kontrollere om verktøy allerede er tilgjengelige før installasjon og kjøre støttede lokale arbeidsflyter med validering, logger, manifester, kvalitetsrapporter og artefaktindekser. Den har mer avansert beslutningsstøtte for BCL-demultipleksing, kjøring og tolkning av FASTQ-kvalitetskontroll, kimlinjevarianter, somatiske varianter og DNA-varianter i UMI-paneler, generering av tellinger og differensielt uttrykk for bulk-RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag samt integrert kvalitetskontroll etter telling for scRNA-seq.
Hva annet kan du gjøre?
Vurder sekvenseringskvaliteten
NGS-analyse for biovitenskap: Inspiser disse sekvenseringsdataene, og avklar målet for analysen. Velg en støttet arbeidsflyt for kvalitetskontroll, kontroller forutsetningene, og tolk de ferdige rapportene med lagrede artefakter.
Planlegg RNA-sekvenseringsanalysen
NGS-analyse for biovitenskap: Gjennomgå dataene og studiedesignet for denne bulk-RNA-seq-studien. Anbefal en støttet analysearbeidsflyt, identifiser manglende metadata, og forklar hvilke kontroller som må utføres før kjøring.
Tolk sekvenseringsresultatene
NGS-analyse for biovitenskap: Gjennomgå disse resultatene fra fullførte sekvenseringsanalyser. Oppsummer kvalitetsproblemer og resultater, skill mellom funn og antakelser, og henvis til dokumentasjonsfilene.
Dette er inkludert
Ferdigheter
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 mer
Ressurser
Legg til plugin-en Life Sciences NGS Analysis med noen få klikk
Tilgjengeligheten avhenger av pluginen, abonnementet ditt og innstillingene for arbeidsområdet. Noen tilkoblinger krever oppsett eller godkjenning fra en administrator. Kontakt administratoren for arbeidsområdet hvis tilgangen er blokkert.
Utforsk relaterte pluginer
Data
Gjør data om til tydelige beslutninger.
Life Sciences Literature
Finn biomedisinske artikler, preprint-artikler og fulltekst med åpen tilgang
NGS Analysis Workbench
Analyser sekvenseringsdata
BioRender
Finn og lag figurer
Documents
Opprett og rediger dokumenter
Zotero
Finn artikler og legg til kildehenvisninger fra Zotero
