Life Sciences NGS Analysis
Instradamento NGS guidato ed esecuzione locale per l’analisi del sequenziamento
- Funzionalità
- Interactive, Read, Write
- Categoria
- Istruzione
- Sviluppatore
- OpenAI
- Sito web
- (si apre in una nuova finestra)
Come funziona
Un plugin guidato per la raccolta delle informazioni, l’instradamento e l’esecuzione dei flussi di lavoro di sequenziamento di nuova generazione. Aiuta Codex a esaminare gli input di sequenziamento locali, porre solo le domande mancanti specifiche per il saggio, scegliere ove possibile pacchetti pubblici o accessibili gratuitamente e installabili in fase di esecuzione, verificare la disponibilità degli strumenti esistenti prima di installarne altri ed eseguire i flussi di lavoro locali supportati con convalida, log, manifest, report QC e indici degli artefatti. Include capacità decisionali avanzate per la demultiplessazione BCL, l’esecuzione e l’interpretazione del QC dei file FASTQ, l’analisi delle varianti germinali, somatiche e del DNA in pannelli UMI, la generazione dei conteggi e l’espressione differenziale per RNA-seq bulk, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag e il QC scRNA-seq integrato successivo al conteggio.
Cos'altro puoi fare?
Esamina la qualità del sequenziamento
Analisi NGS per le scienze della vita: esamina questi input di sequenziamento e chiarisci l’obiettivo dell’analisi. Scegli un flusso di lavoro QC supportato, verifica i prerequisiti e interpreta i report completati con gli artefatti salvati.
Pianifica l’analisi del sequenziamento dell’RNA
Analisi NGS per le scienze della vita: esamina gli input e il disegno di questo studio RNA-seq bulk. Consiglia un flusso di analisi supportato, individua i metadati mancanti e spiega i controlli necessari prima dell’esecuzione.
Interpreta i risultati del sequenziamento
Analisi NGS per le scienze della vita: esamina questi risultati già ottenuti dall’analisi del sequenziamento. Riassumi i problemi di qualità e i risultati, distingui i dati dalle ipotesi e cita i file di supporto.
Cosa è incluso
Skill
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- Altro 10
Risorse
Aggiungi il plugin Life Sciences NGS Analysis in pochi clic
La disponibilità dipende dal plugin, dal tuo piano e dalle impostazioni dell'area di lavoro. Alcune connessioni richiedono la configurazione o l'approvazione di un amministratore. Se l'accesso è bloccato, contatta l'amministratore della tua area di lavoro.
