Life Sciences NGS Analysis
בחירה מונחית של מסלול ניתוח NGS והרצה מקומית לניתוח נתוני ריצוף
- יכולות
- Interactive, Read, Write
- קטגוריה
- חינוך
- מפתח/ת
- OpenAI
איך זה עובד
תוסף לקליטה מונחית של נתונים, לבחירת מסלול ניתוח ולהרצת תהליכי עבודה לריצוף מהדור הבא. התוסף עוזר ל-Codex לבדוק נתוני ריצוף מקומיים, לשאול רק על מידע חסר הנוגע לבדיקה הספציפית, לבחור במידת האפשר חבילות ציבוריות או נגישות ללא תשלום שניתן להתקין בזמן הריצה, לבדוק אם הכלים הנדרשים כבר זמינים לפני כל התקנה, ולהריץ תהליכי עבודה מקומיים נתמכים עם אימות, יומנים, קובצי מניפסט, דוחות בקרת איכות ומפתחות לתוצרים. הוא כולל יכולות קבלת החלטות מתקדמות להפרדת נתוני BCL לפי דגימות, לביצוע ולפענוח בקרת איכות של FASTQ, לניתוח וריאנטים ב-DNA בקו הנבט, וריאנטים סומטיים ווריאנטים בפאנלים מבוססי UMI, להפקת ספירות ולניתוח ביטוי דיפרנציאלי ב-bulk RNA-seq, ל-ATAC-seq, ל-ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag ולבקרת איכות משולבת של scRNA-seq לאחר שלב הספירה.
מה עוד אפשר לעשות?
בדיקת איכות הריצוף
ניתוח NGS במדעי החיים בדוק את נתוני הריצוף האלה וברר את מטרת הניתוח. בחר תהליך נתמך לבקרת איכות, בדוק דרישות מקדימות ופרש את הדוחות שהופקו בעזרת התוצרים שנשמרו.
תכנון ניתוח של ריצוף RNA
ניתוח NGS במדעי החיים סקור את נתוני הקלט ואת מערך הניסוי במחקר bulk RNA-seq הזה. המלץ על תהליך ניתוח נתמך, זהה מטא-נתונים חסרים והסבר אילו בדיקות נדרשות לפני ההרצה.
פענוח תוצאות הריצוף
ניתוח NGS במדעי החיים סקור את הפלטים האלה מניתוח הריצוף שהושלם. סכם את בעיות האיכות ואת התוצאות, הבחן בין ממצאים להנחות והפנה לקבצים התומכים.
מה כלול
מיומנויות
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 נוספים
משאבים
הוספת התוסף Life Sciences NGS Analysis בכמה לחיצות
הזמינות תלויה בתוסף, בתוכנית שלכם ובהגדרות ה-workspace. חלק מהחיבורים דורשים הגדרה או אישור של מנהל מערכת. אם הגישה חסומה, פנו למנהל ה-workspace שלכם.
