Life Sciences NGS Analysis
May gabay na pagruruta ng NGS at lokal na pagsasagawa para sa pagsusuri ng sequencing
- Mga Kakayahan
- Interactive, Read, Write
- Kategorya
- Edukasyon
- Developer
- OpenAI
Paano ito gumagana
Isang plugin na may gabay para sa pangangalap ng impormasyon, pagruruta, at pagsasagawa ng mga susunod na henerasyong workflow sa sequencing. Tinutulungan nito ang Codex na suriin ang mga lokal na input sa sequencing, itanong lamang ang mga kulang na detalyeng partikular sa assay, pumili ng mga pampubliko o libreng package na maaaring i-install habang tumatakbo kung posible, tingnan muna kung available ang mga kasalukuyang tool bago mag-install, at isagawa ang mga suportadong lokal na workflow na may validation, mga log, manifest, ulat ng QC, at index ng mga artifact. May kasama itong mas malalim na kasanayan sa pagpapasya para sa BCL demultiplexing, pagsasagawa at interpretasyon ng FASTQ QC, germline, somatic, at UMI-panel DNA variants, pagbuo ng bilang at differential expression para sa bulk RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag, at naka-embed na post-count scRNA-seq QC.
Ano pa ang magagawa mo?
Suriin ang kalidad ng sequencing
Pagsusuri ng NGS sa Life Sciences Suriin ang mga input na ito sa sequencing at linawin ang layunin ng pagsusuri. Pumili ng suportadong QC workflow, tingnan ang mga kinakailangan, at bigyang-kahulugan ang mga natapos na ulat kasama ang mga naka-save na artifact.
Planuhin ang pagsusuri ng RNA sequencing
Pagsusuri ng NGS sa Life Sciences Suriin ang mga input at disenyo ng pag-aaral na ito sa bulk RNA-seq. Magrekomenda ng suportadong workflow sa pagsusuri, tukuyin ang kulang na metadata, at ipaliwanag ang mga kailangang pagsusuri bago ito isagawa.
Bigyang-kahulugan ang mga resulta ng sequencing
Pagsusuri ng NGS sa Life Sciences Suriin ang mga natapos na output na ito mula sa pagsusuri ng sequencing. Ibuod ang mga isyu sa kalidad at mga resulta, ibukod ang mga natuklasan sa mga palagay, at tukuyin ang mga sumusuportang file.
Ano'ng kasama
Skill
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 pa
Mga Mapagkukunan
Idagdag ang Life Sciences NGS Analysis plugin sa ilang pag-click lang
Nakadepende ang availability sa plugin, iyong plano, at mga setting ng workspace. Nangangailangan ang ilang koneksyon ng pag-set up o pag-apruba ng admin. Makipag-ugnayan sa admin ng iyong workspace kung naka-block ang access.
Tuklasin ang mga kaugnay na plugin
Data
Gawing malinaw na desisyon ang data.
Life Sciences Literature
Maghanap ng mga biomedical na papel, preprint, at open-access na buong teksto
NGS Analysis Workbench
Suriin ang sequencing data
BioRender
Maghanap at gumawa ng mga pigura
Documents
Gumawa at mag-edit ng mga dokumento
Zotero
Humanap ng mga pag-aaral at magdagdag ng mga pagsipi mula sa Zotero
