Life Sciences NGS Analysis
Encaminament guiat d'NGS i execució local d'anàlisis de seqüenciació
- Capacitats
- Interactive, Read, Write
- Categoria
- Educació
- Desenvolupador
- OpenAI
- Lloc web
- (s'obre en una finestra nova)
Com funciona
Un connector guiat per a la recepció, l'encaminament i l'execució de fluxos de treball de seqüenciació de nova generació. Ajuda Codex a examinar les dades locals de seqüenciació, formular només les preguntes específiques de l'assaig que falten, triar paquets públics o d'accés gratuït instal·lables en temps d'execució sempre que sigui possible, comprovar la disponibilitat de les eines abans de qualsevol instal·lació i executar fluxos de treball locals compatibles amb validacions, registres, fitxers de manifest, informes de control de qualitat i índexs d'artefactes. Inclou capacitats avançades de decisió per a la desmultiplexació de BCL, l'execució i interpretació del control de qualitat de FASTQ, les variants d'ADN germinals, somàtiques i de panells amb UMI, la generació de recomptes i l'expressió diferencial d'RNA-seq massiu, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag i el control de qualitat integrat posterior al recompte de scRNA-seq.
Què més pots fer?
Revisar la qualitat de la seqüenciació
Anàlisi NGS de ciències de la vida: examina aquestes dades de seqüenciació i aclareix l'objectiu de l'anàlisi. Tria un flux de control de qualitat compatible, comprova'n els requisits previs i interpreta els informes acabats amb els artefactes desats.
Planificar l'anàlisi de seqüenciació d'RNA
Anàlisi NGS de ciències de la vida: revisa les dades d'entrada i el disseny d'aquest estudi d'RNA-seq massiu. Recomana un flux d'anàlisi compatible, identifica les metadades que falten i explica les comprovacions necessàries abans d'executar-lo.
Interpretar els resultats de seqüenciació
Anàlisi NGS de ciències de la vida: revisa aquests resultats finals de l'anàlisi de seqüenciació. Resumeix els problemes de qualitat i els resultats, diferencia les conclusions de les suposicions i cita els fitxers que els sustenten.
Què inclou
Skills
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 més
Recursos
Afegeix el connector Life Sciences NGS Analysis en uns quants clics
La disponibilitat depèn del connector, del teu pla i de la configuració de l'espai de treball. Algunes connexions requereixen configuració o aprovació d'un administrador. Contacta amb l'administrador del teu espai de treball si l'accés està bloquejat.
Explora connectors relacionats
Data
Converteix les dades en decisions clares.
Life Sciences Literature
Cerca articles biomèdics, prepublicacions i textos complets d'accés obert
NGS Analysis Workbench
Analitza dades de seqüenciació
BioRender
Cercar i crear figures
Documents
Crea i edita documents
Zotero
Troba articles i afegeix citacions des de Zotero
