Life Sciences NGS Analysis
Керована маршрутизація NGS і локальне виконання аналізу секвенування
- Можливості
- Interactive, Read, Write
- Категорія
- Навчання
- Розробник
- OpenAI
- Веб-сайт
- (відкривається у новому вікні)
Як це працює
Керований плагін для збору вхідних даних, маршрутизації та виконання робочих процесів секвенування нового покоління. Він допомагає Codex перевіряти локальні вхідні дані секвенування, ставити лише відсутні запитання щодо конкретного аналізу, за можливості вибирати загальнодоступні або безкоштовні пакети, які можна встановити під час виконання, перевіряти наявність інструментів перед установленням і запускати підтримувані локальні процеси з валідацією, журналами, маніфестами, звітами контролю якості та індексами артефактів. Плагін містить розширені засоби прийняття рішень для демультиплексування BCL, виконання й інтерпретації контролю якості FASTQ, виявлення гермінальних, соматичних і UMI-панельних варіантів ДНК, формування підрахунків і диференційного аналізу експресії для bulk RNA-seq, аналізу ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag та вбудованого контролю якості scRNA-seq після підрахунку.
Що ще можна зробити?
Перевірка якості секвенування
NGS-аналіз у науках про життя. Перевірте ці вхідні дані секвенування й уточніть мету аналізу. Виберіть підтримуваний процес контролю якості, перевірте передумови та інтерпретуйте готові звіти зі збереженими артефактами.
Планування аналізу секвенування РНК
NGS-аналіз у науках про життя. Перегляньте вхідні дані та дизайн цього дослідження bulk RNA-seq. Порекомендуйте підтримуваний процес аналізу, визначте відсутні метадані та поясніть, які перевірки потрібні перед виконанням.
Інтерпретація результатів секвенування
NGS-аналіз у науках про життя. Перегляньте ці готові результати аналізу секвенування. Підсумуйте проблеми з якістю та результати, відокремте висновки від припущень і наведіть посилання на підтвердні файли.
Що включає ця пропозиція
Навички
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- Ще 10
Ресурси
Додайте плагін Life Sciences NGS Analysis всього за кілька кліків
Доступність залежить від плагіна, вашого плану та налаштувань робочого простору. Для деяких підключень потрібне налаштування або схвалення адміністратора. Якщо доступ заблоковано, зверніться до адміністратора робочого простору.
Переглянути пов’язані плагіни
Data
Перетворюйте дані на чіткі рішення.
Life Sciences Literature
Знаходьте біомедичні статті, препринти й повні тексти у відкритому доступі
NGS Analysis Workbench
Аналізуйте дані секвенування
BioRender
Знаходьте й створюйте ілюстрації
Documents
Створюйте й редагуйте документи
Zotero
Знаходьте статті й додавайте посилання на джерела із Zotero
