Life Sciences NGS Analysis
Encaminhamento guiado de NGS e execução local para análise de sequenciamento
- Capacidades
- Interactive, Read, Write
- Categoria
- Educação
- Desenvolvedor
- OpenAI
Como funciona
Um plugin guiado de recepção, encaminhamento e execução para fluxos de trabalho de sequenciamento de última geração. Ele ajuda o Codex a examinar entradas locais de sequenciamento, fazer apenas as perguntas específicas do ensaio que ainda faltam, escolher, quando possível, pacotes públicos ou de acesso gratuito instaláveis durante a execução, verificar a disponibilidade das ferramentas existentes antes de qualquer instalação e executar fluxos locais compatíveis, com validação, logs, manifestos, relatórios de CQ e índices de artefatos. Ele inclui recursos avançados de decisão para demultiplexação de BCL, execução e interpretação de CQ de FASTQ, variantes de DNA germinativas, somáticas e de painéis com UMI, geração de contagens e expressão diferencial em RNA-seq em massa, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag e CQ integrado pós-contagem de scRNA-seq.
O que mais você pode fazer?
Avaliar a qualidade do sequenciamento
Análise de NGS em Ciências da Vida Examine estas entradas de sequenciamento e esclareça o objetivo da análise. Escolha um fluxo de CQ compatível, verifique os pré-requisitos e interprete os relatórios concluídos com os artefatos salvos.
Planejar a análise de sequenciamento de RNA
Análise de NGS em Ciências da Vida Revise as entradas e o desenho deste estudo de RNA-seq em massa. Recomende um fluxo de análise compatível, identifique os metadados ausentes e explique as verificações necessárias antes da execução.
Interpretar resultados de sequenciamento
Análise de NGS em Ciências da Vida Revise estas saídas de uma análise de sequenciamento concluída. Resuma os problemas de qualidade e os resultados, diferencie constatações de suposições e cite os arquivos comprobatórios.
O que está incluído
Habilidades
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- Mais 10
Recursos
Adicione o plugin Life Sciences NGS Analysis em poucos cliques.
A disponibilidade depende do plugin, do seu plano e das configurações do espaço de trabalho. Algumas conexões exigem configuração ou aprovação administrativa. Se o acesso estiver bloqueado, entre em contato com o administrador do seu espaço de trabalho.
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