Life Sciences NGS Analysis
Dobór ścieżki NGS i lokalne wykonywanie analiz sekwencjonowania z instrukcjami
- Możliwości
- Interactive, Read, Write
- Kategoria
- Edukacja
- Programista
- OpenAI
- Witryna internetowa
- (otwiera nowe okno)
Jak to działa?
Wtyczka prowadząca użytkownika przez zbieranie danych, wybór ścieżki i realizację procesów sekwencjonowania nowej generacji. Pomaga Codex analizować lokalne dane wejściowe z sekwencjonowania, zadawać wyłącznie brakujące pytania właściwe dla danego testu, w miarę możliwości wybierać publiczne lub bezpłatnie dostępne pakiety instalowane w środowisku wykonawczym, sprawdzać dostępność narzędzi przed instalacją oraz uruchamiać obsługiwane lokalne procesy z walidacją, dziennikami, manifestami, raportami QC i indeksami artefaktów. Obejmuje zaawansowane mechanizmy decyzyjne do demultipleksowania BCL, wykonywania i interpretacji kontroli jakości FASTQ, analizy wariantów DNA linii zarodkowej, somatycznych i z paneli UMI, generowania zliczeń i analizy różnicowej ekspresji dla zbiorczego RNA-seq, analiz ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag oraz zintegrowanej kontroli jakości scRNA-seq po zliczeniu.
Co jeszcze potrafisz?
Ocena jakości sekwencjonowania
Analiza NGS w naukach o życiu: sprawdź te dane wejściowe z sekwencjonowania i ustal cel analizy. Wybierz obsługiwany proces QC, sprawdź wymagania wstępne i zinterpretuj gotowe raporty wraz z zapisanymi artefaktami.
Planowanie analizy sekwencjonowania RNA
Analiza NGS w naukach o życiu: oceń dane wejściowe i projekt tego badania zbiorczego RNA-seq. Zaproponuj obsługiwany proces analizy, wskaż brakujące metadane i wyjaśnij, jakie kontrole są potrzebne przed uruchomieniem.
Interpretacja wyników sekwencjonowania
Analiza NGS w naukach o życiu: oceń gotowe wyniki analizy sekwencjonowania. Podsumuj problemy z jakością i wyniki, odróżnij ustalenia od założeń oraz wskaż pliki źródłowe.
Co otrzymujesz
Umiejętności
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- Jeszcze 10
Zasoby
Dodaj wtyczkę Life Sciences NGS Analysis kilkoma kliknięciami
Dostępność zależy od wtyczki, Twojego planu i ustawień przestrzeni roboczej. Niektóre połączenia wymagają konfiguracji lub zatwierdzenia przez administratora. Jeśli dostęp jest zablokowany, skontaktuj się z administratorem swojej przestrzeni roboczej.
Poznaj powiązane wtyczki
Data
Przekształcaj dane w trafne decyzje.
Life Sciences Literature
Znajdź artykuły biomedyczne, preprinty i pełne teksty w otwartym dostępie
NGS Analysis Workbench
Analizuj dane z sekwencjonowania
BioRender
Znajduj i twórz ryciny
Documents
Twórz i edytuj dokumenty
Zotero
Znajduj publikacje i dodawaj cytowania z Zotero
