Life Sciences NGS Analysis
Vođeno usmjeravanje NGS-a i lokalno izvođenje analize sekvenciranja
- Sposobnosti
- Interactive, Read, Write
- Kategorija
- Obrazovanje
- Razvojni inženjer
- OpenAI
- Mrežna lokacija
- (otvara se u novom prozoru)
Način rada
Vođeni plugin za unos podataka, usmjeravanje i izvođenje radnih tijekova sekvenciranja nove generacije. Pomaže Codexu pregledati lokalne ulazne podatke sekvenciranja, postaviti samo pitanja o podacima koji nedostaju za određenu vrstu testa, po mogućnosti odabrati javne ili besplatno dostupne pakete koji se mogu instalirati tijekom izvođenja, provjeriti dostupnost postojećih alata prije instalacije te izvesti podržane lokalne radne tijekove uz provjeru valjanosti, zapisnike, manifeste, izvješća o kontroli kvalitete i indekse artefakata. Obuhvaća naprednije odlučivanje za demultipleksiranje BCL-a, izvođenje i tumačenje kontrole kvalitete FASTQ-a, varijante DNA zametne linije, somatske varijante i varijante UMI panela, generiranje broja očitanja i diferencijalnu ekspresiju za bulk RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag te ugrađenu kontrolu kvalitete scRNA-seq podataka nakon prebrojavanja.
Što još možete učiniti?
Pregled kvalitete sekvenciranja
NGS analiza u biološkim znanostima: pregledaj ove ulazne podatke sekvenciranja i razjasni cilj analize. Odaberi podržani radni tijek kontrole kvalitete, provjeri preduvjete i protumači dovršena izvješća uz spremljene artefakte.
Planiranje analize sekvenciranja RNA
NGS analiza u biološkim znanostima: pregledaj ulazne podatke i ustroj ovog bulk RNA-seq istraživanja. Preporuči podržani radni tijek analize, utvrdi koji metapodaci nedostaju i objasni potrebne provjere prije izvođenja.
Tumačenje rezultata sekvenciranja
NGS analiza u biološkim znanostima: pregledaj ove rezultate dovršene analize sekvenciranja. Sažmi poteškoće s kvalitetom i rezultate, odvoji nalaze od pretpostavki i navedi popratne datoteke.
Što je uključeno
Vještina
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 više
Resursi
Dodajte plugin Life Sciences NGS Analysis u nekoliko klikova
Dostupnost ovisi o pluginu, vašem planu i postavkama radnog prostora. Neke veze zahtijevaju postavljanje ili odobrenje administratora. Obratite se administratoru radnog prostora ako je pristup blokiran.
Istražite povezane plugine
Data
Pretvorite podatke u jasne odluke.
Life Sciences Literature
Pronađite biomedicinske radove, predpublikacije i cjelovite tekstove u otvorenom pristupu
NGS Analysis Workbench
Analizirajte podatke sekvenciranja
BioRender
Pronađite i izradite ilustracije
Documents
Izrađujte i uređujte dokumente
Zotero
Pronađite radove i dodajte citate iz Zotera
