Life Sciences NGS Analysis
Enrutamiento guiado de NGS y ejecución local para el análisis de secuenciación
- Capacidades
- Interactive, Read, Write
- Categoría
- Educación
- Desarrollador
- OpenAI
- Sitio web
- (se abre en una ventana nueva)
Cómo funciona
Un complemento guiado de recepción, enrutamiento y ejecución para flujos de trabajo de secuenciación de nueva generación. Ayuda a Codex a examinar las entradas de secuenciación locales, preguntar solo por los datos específicos del ensayo que falten, elegir paquetes públicos o de libre acceso e instalables en tiempo de ejecución cuando sea posible, comprobar la disponibilidad de herramientas antes de instalarlas y ejecutar flujos de trabajo locales compatibles con validaciones, registros, manifiestos, informes de control de calidad e índices de artefactos. Incluye capacidades avanzadas de decisión para la demultiplexación de BCL; la ejecución e interpretación del control de calidad de FASTQ; las variantes de ADN germinales, somáticas y de paneles UMI; la generación de recuentos y la expresión diferencial de RNA-seq masivo; ATAC-seq; ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag; y el control de calidad integrado de scRNA-seq posterior al recuento.
¿Qué más puedes hacer?
Revisar la calidad de la secuenciación
Análisis NGS para ciencias de la vida: examina estas entradas de secuenciación y aclara el objetivo del análisis. Elige un flujo de control de calidad compatible, comprueba los requisitos previos e interpreta los informes generados con los artefactos guardados.
Planificar el análisis de secuenciación de ARN
Análisis NGS para ciencias de la vida: revisa las entradas y el diseño de este estudio de RNA-seq masivo. Recomienda un flujo de análisis compatible, identifica los metadatos que faltan y explica las comprobaciones necesarias antes de ejecutarlo.
Interpretar los resultados de secuenciación
Análisis NGS para ciencias de la vida: revisa estos resultados ya generados del análisis de secuenciación. Resume los problemas de calidad y los resultados, distingue los hallazgos de los supuestos y cita los archivos de respaldo.
Qué incluye
Habilidades
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 más
Recursos
Añade el complemento Life Sciences NGS Analysis en unos pocos clics
La disponibilidad depende del complemento, de tu plan y de la configuración del área de trabajo. Algunas conexiones requieren configuración o aprobación del administrador. Ponte en contacto con el administrador de tu área de trabajo si el acceso está bloqueado.
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