Life Sciences NGS Analysis
Guidet valg og lokal kørsel af arbejdsgange til sekventeringsanalyse med NGS
- Kapabiliteter
- Interactive, Read, Write
- Kategori
- Education
- Udvikler
- OpenAI
- Website
- (åbner i et nyt vindue)
Sådan fungerer det
Et plugin til guidet dataindsamling, valg og kørsel af arbejdsgange til næste generations sekventering. Det hjælper Codex med at gennemgå lokale sekventeringsinput, kun stille de manglende analysespecifikke spørgsmål, vælge offentlige eller frit tilgængelige pakker, der om muligt kan installeres under kørsel, kontrollere eksisterende værktøjer før installation og køre understøttede lokale arbejdsgange med validering, logfiler, manifester, QC-rapporter og artefaktindekser. Det omfatter avanceret beslutningsstøtte til BCL-demultipleksing, kørsel og fortolkning af FASTQ-QC, kimlinje-, somatiske og UMI-panelbaserede DNA-varianter, generering af tællinger og analyse af differentiel ekspression for bulk-RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag samt integreret scRNA-seq-QC efter kvantificering.
Hvad kan du ellers gøre?
Vurder sekventeringskvaliteten
NGS-analyse inden for biovidenskab: Gennemgå disse sekventeringsinput, og afklar målet med analysen. Vælg en understøttet QC-arbejdsgang, kontrollér forudsætningerne, og fortolk de færdige rapporter med de gemte artefakter.
Planlæg RNA-sekventeringsanalysen
NGS-analyse inden for biovidenskab: Gennemgå input og design for dette bulk-RNA-seq-studie. Anbefal en understøttet analysearbejdsgang, identificér manglende metadata, og forklar, hvilke kontroller der kræves før kørsel.
Fortolk sekventeringsresultaterne
NGS-analyse inden for biovidenskab: Gennemgå disse færdige resultater fra sekventeringsanalysen. Opsummér kvalitetsproblemer og resultater, skeln mellem observationer og antagelser, og henvis til de underbyggende filer.
Hvad er inkluderet
Færdigheder
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 mere
Ressourcer
Tilføj plugin Life Sciences NGS Analysis med nogle få klik
Tilgængeligheden afhænger af plugin'et, dit abonnement og indstillingerne for arbejdsområdet. Nogle forbindelser kræver opsætning eller godkendelse af en administrator. Kontakt administratoren for dit arbejdsområde, hvis adgang er blokeret.
Udforsk relaterede plugins
Data
Omsæt data til klare beslutninger.
Life Sciences Literature
Find biomedicinske artikler, preprints og frit tilgængelig fuldtekst
NGS Analysis Workbench
Analysér sekventeringsdata
BioRender
Find og opret figurer
Documents
Opret og rediger dokumenter
Zotero
Find forskningsartikler, og tilføj kildehenvisninger fra Zotero
