Life Sciences NGS Analysis
Řízená volba postupu NGS a místní provádění analýzy sekvenování
- Schopnosti
- Interactive, Read, Write
- Kategorie
- Vzdělávání
- Vývojář
- OpenAI
- Webové stránky
- (otevře se v novém okně)
Jak to funguje
Plugin pro řízený sběr vstupních údajů, volbu postupu a provádění pracovních postupů sekvenování nové generace. Pomáhá Codexu prověřit místní vstupy sekvenování, vyžádat si pouze chybějící údaje specifické pro daný test, pokud možno zvolit veřejné či volně dostupné balíčky instalovatelné za běhu, před každou instalací ověřit dostupnost stávajících nástrojů a spouštět podporované místní pracovní postupy včetně validace, protokolů, manifestů, zpráv QC a indexů artefaktů. Zahrnuje pokročilé rozhodovací funkce pro demultiplexování BCL, provádění a interpretaci QC souborů FASTQ, zárodečné a somatické varianty DNA i varianty panelů UMI, tvorbu počtů a diferenciální expresi u hromadného RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag a integrovanou QC scRNA-seq po stanovení počtů.
Co dalšího umíš?
Kontrola kvality sekvenování
Analýza NGS pro biologické vědy: Prověř tyto vstupy sekvenování a upřesni cíl analýzy. Zvol podporovaný pracovní postup QC, ověř předpoklady a interpretuj hotové zprávy i uložené artefakty.
Plánování analýzy sekvenování RNA
Analýza NGS pro biologické vědy: Prověř vstupy a návrh této studie hromadného RNA-seq. Doporuč podporovaný analytický postup, urč chybějící metadata a vysvětli kontroly nutné před spuštěním.
Interpretace výsledků sekvenování
Analýza NGS pro biologické vědy: Prověř tyto dokončené výstupy analýzy sekvenování. Shrň problémy s kvalitou a výsledky, odliš zjištění od předpokladů a odkaž na podpůrné soubory.
Co je součástí
dovedností
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 více
Zdroje
Přidat plugin Life Sciences NGS Analysis na pár kliknutí
Dostupnost závisí na pluginu, plánu a nastavení pracovního prostoru. Některá připojení vyžadují nastavení nebo schválení správcem. Pokud je přístup zablokovaný, kontaktujte správce pracovního prostoru.
Prozkoumat související pluginy
Data
Převádějte data na jasná rozhodnutí.
Life Sciences Literature
Najděte biomedicínské články, preprinty a volně přístupné plné texty
NGS Analysis Workbench
Analyzujte sekvenační data
BioRender
Vyhledávejte a vytvářejte ilustrace
Documents
Vytváření a úpravy dokumentů
Zotero
Vyhledávejte odborné články a přidávejte citace ze Zotera
