Life Sciences NGS Analysis
Пошаговый выбор маршрута NGS-анализа и локальное выполнение анализа секвенирования
- Возможности
- Interactive, Read, Write
- Категория
- образование
- Разработчик
- OpenAI
- Веб-сайт
- (открывается в новом окне)
Принцип работы
Плагин для пошагового сбора данных, выбора маршрута и выполнения рабочих процессов секвенирования нового поколения. Он помогает Codex проверять локальные входные данные секвенирования, задавать только недостающие вопросы с учетом типа анализа, по возможности выбирать общедоступные или бесплатные пакеты, устанавливаемые во время выполнения, проверять наличие нужных инструментов перед установкой и запускать поддерживаемые локальные рабочие процессы с валидацией, журналами, манифестами, отчетами о контроле качества и индексами артефактов. Плагин также предлагает расширенную поддержку принятия решений для демультиплексирования BCL, выполнения и интерпретации контроля качества FASTQ, анализа герминальных и соматических вариантов ДНК и вариантов в UMI-панелях, подсчета экспрессии и анализа дифференциальной экспрессии в массовом RNA-seq, а также для ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag и встроенного контроля качества scRNA-seq после подсчета.
Что ещё вы можете сделать?
Проверка качества секвенирования
NGS-анализ в биологии. Проверь эти входные данные секвенирования и уточни цель анализа. Выбери поддерживаемый процесс контроля качества, проверь предварительные требования и интерпретируй готовые отчеты с сохраненными артефактами.
Планирование анализа RNA-seq
NGS-анализ в биологии. Изучи входные данные и план этого исследования массового RNA-seq. Порекомендуй поддерживаемый процесс анализа, укажи недостающие метаданные и объясни, какие проверки нужны перед запуском.
Интерпретация результатов секвенирования
NGS-анализ в биологии. Изучи результаты завершенного анализа данных секвенирования. Обобщи проблемы с качеством и результаты, отдели выводы от предположений и приведи ссылки на подтверждающие файлы.
Что входит
Навыков
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- Еще 10
Ресурсы
Добавьте плагин Life Sciences NGS Analysis в несколько кликов
Доступность зависит от плагина, вашего тарифного плана и настроек рабочей области. Для некоторых подключений требуется настройка или одобрение администратора. Если доступ заблокирован, обратитесь к администратору вашей рабочей области.
Просмотреть похожие плагины
Data
Превращайте данные в ясные решения.
Life Sciences Literature
Находите биомедицинские статьи, препринты и полные тексты в открытом доступе
NGS Analysis Workbench
Анализ данных секвенирования
BioRender
Находите и создавайте иллюстрации
Documents
Создавайте и редактируйте документы
Zotero
Находите статьи и добавляйте ссылки на источники из Zotero
