Life Sciences NGS Analysis
Direcționare NGS ghidată și execuție locală pentru analiza secvențierii
- Capabilități
- Interactive, Read, Write
- Categorie
- Educație
- Dezvoltator
- OpenAI
Cum funcționează
Un plugin pentru ghidarea preluării, direcționării și executării fluxurilor de lucru de secvențiere de nouă generație. Ajută Codex să inspecteze local datele de secvențiere, să pună doar întrebările specifice testului pentru care lipsesc informații, să aleagă, când este posibil, pachete publice sau accesibile gratuit care pot fi instalate în mediul de execuție, să verifice disponibilitatea instrumentelor înainte de instalare și să execute fluxuri locale compatibile, cu validare, jurnale, manifeste, rapoarte QC și indecși ai artefactelor. Include funcții decizionale avansate pentru demultiplexarea BCL, executarea și interpretarea QC pentru FASTQ, identificarea variantelor ADN germinale, somatice și din panouri UMI, generarea numărătorilor și analiza expresiei diferențiale pentru RNA-seq bulk, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag și QC scRNA-seq integrat ulterior numărării.
Ce altceva poți face?
Evaluează calitatea secvențierii
Analiză NGS pentru științele vieții: inspectează aceste date de secvențiere și clarifică obiectivul analizei. Alege un flux QC compatibil, verifică cerințele preliminare și interpretează rapoartele finalizate și artefactele salvate.
Planifică analiza secvențierii ARN
Analiză NGS pentru științele vieții: examinează datele de intrare și planul acestui studiu RNA-seq bulk. Recomandă un flux de analiză compatibil, identifică metadatele lipsă și explică verificările necesare înainte de execuție.
Interpretează rezultatele secvențierii
Analiză NGS pentru științele vieții: examinează rezultatele finalizate ale acestor analize de secvențiere. Rezumă problemele de calitate și rezultatele, separă constatările de ipoteze și indică fișierele justificative.
Ce este inclus
Competențe
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- Încă 10
Resurse
Adaugă pluginul Life Sciences NGS Analysis în câteva clicuri
Disponibilitatea depinde de extensie, de abonamentul tău și de setările spațiului de lucru. Unele conexiuni necesită configurarea sau aprobarea administratorului. Contactează administratorul spațiului tău de lucru dacă accesul este blocat.
Explorează extensiile asociate
Data
Transformă datele în decizii clare.
Life Sciences Literature
Găsește articole biomedicale, preprinturi și texte integrale cu acces liber
NGS Analysis Workbench
Analizează date de secvențiere
BioRender
Găsește și creează figuri
Documents
Creați și editați documente
Zotero
Găsește lucrări și adaugă citări din Zotero
