Life Sciences NGS Analysis
Perutean NGS terpandu dan eksekusi lokal untuk analisis pengurutan
- Kemampuan
- Interactive, Read, Write
- Kategori
- Pendidikan
- Pengembang
- OpenAI
- Situs web
- (terbuka di jendela baru)
Cara kerjanya
Plugin terpandu untuk penerimaan, perutean, dan eksekusi alur kerja pengurutan generasi berikutnya. Plugin ini membantu Codex memeriksa input pengurutan lokal, hanya menanyakan informasi khusus pengujian yang belum tersedia, memilih paket publik atau gratis yang dapat diinstal saat runtime jika memungkinkan, memeriksa ketersediaan alat sebelum instalasi, serta menjalankan alur kerja lokal yang didukung lengkap dengan validasi, log, manifes, laporan QC, dan indeks artefak. Plugin ini mencakup kemampuan pengambilan keputusan mendalam untuk demultipleks BCL, pelaksanaan dan interpretasi QC FASTQ, varian DNA germline, somatik, dan panel UMI, pembuatan hitungan serta ekspresi diferensial RNA-seq massal, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag, dan QC scRNA-seq pascapenghitungan terintegrasi.
Apa lagi yang bisa Anda lakukan?
Tinjau kualitas pengurutan
Analisis NGS Ilmu Hayati: Periksa input pengurutan ini dan perjelas tujuan analisisnya. Pilih alur kerja QC yang didukung, periksa prasyarat, lalu tafsirkan laporan yang telah selesai beserta artefak tersimpan.
Rencanakan analisis pengurutan RNA
Analisis NGS Ilmu Hayati: Tinjau input dan desain studi RNA-seq massal ini. Rekomendasikan alur kerja analisis yang didukung, identifikasi metadata yang belum tersedia, dan jelaskan pemeriksaan yang diperlukan sebelum eksekusi.
Tafsirkan hasil pengurutan
Analisis NGS Ilmu Hayati: Tinjau output analisis pengurutan yang telah selesai ini. Rangkum masalah kualitas dan hasilnya, bedakan temuan dari asumsi, serta rujuk file pendukung.
Apa saja yang termasuk
Keterampilan
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 lainnya
Sumber daya
Tambahkan plugin Life Sciences NGS Analysis hanya dalam beberapa klik
Ketersediaan bergantung pada plugin, paket Anda, dan pengaturan workspace. Beberapa koneksi memerlukan penyiapan atau persetujuan admin. Hubungi admin workspace Anda jika akses diblokir.
