Predstavljamo nove mogućnosti za GPT‑Rosalind
Veća inteligencija utemeljena na stvarnim znanstvenim tijekovima rada za sektor znanosti o životu.
Predstavljamo novo ažuriranje modela u našoj seriji 1GPT‑Rosalind1, namjenski izrađeno za istraživanja u znanostima o životu na razini velikih organizacija. Kombinira sposobnosti kodiranja uz pomoć AI agenta i uporabe alata iz GPT‑5.5 sa snažnijom inteligencijom modela u ključnim domenama otkrivanja lijekova, kao što su medicinska kemija i genomika, uz napredak u širim analizama, dizajnu i eksperimentalnim tijekovima rada u znanostima o životu.
Napredak u znanostima o životu ovisi o sintetiziranju podataka i dokaza kroz različite razine i modalitete: molekule, gene, putove i žive sustave. U našim evaluacijama ažurirani GPT‑Rosalind pokazuje široka poboljšanja performansi na istraživačkim zadacima biologa stručnjaka, složenim upitima iz medicinske kemije, kvantitativnoj biologiji i rješavanju problema u mokrom laboratoriju.
GPT‑Rosalind sada je dostupan u istraživačkom pretpregledu prihvatljivim organizacijama diljem svijeta putem naše strukture implementacije s pouzdanim pristupom.
Kako bismo mjerili i kontinuirano poboljšavali stvarni učinak GPT‑Rosalinda, osmislili smo LifeSciBench, referentni test koji ocjenjuju vanjski stručnjaci i koji je usmjeren na temeljne aspekte istraživanja u znanostima o životu. Za razliku od postojećih referentnih testova koji procjenjuju jednu komponentu performansi modela ili biološku domenu izolirano, LifeSciBench daje cjelovit pogled na znanstveno vrijedan rad uzimajući zadatke iz šest područja tijeka rada ključnih za istraživanja u znanostima o životu: obrada dokaza, analiza, dizajn i optimizacija, znanstveno rasuđivanje, validacija i operacije te prevođenje i komunikacija. Taj referentni test koristimo kako bismo napredak uskladili s potrebama i stvarnošću istraživanja u znanostima o životu.
GPT‑Rosalind predvodi performanse na znanstveno vrijednim zadacima koje su identificirali stručnjaci iz sektora i akademske zajednice.
Izdvajanje, usklađivanje i revizija znanstvenih dokaza iz radova, slika, tablica i eksperimentalnih zapisa.
Primjer evaluacije
We’re preparing for a Type B FDA meeting on AAV9-microDys-X, an AAV9-based micro-dystrophin gene therapy for Duchenne muscular dystrophy that expresses a 138 kDa construct from an MCK promoter, and we want a hard-nosed critique of whether our current package really supports accelerated approval on micro-dystrophin expression as a surrogate endpoint reasonably likely to predict clinical benefit.
Study context: open-label Phase 1b/2 in 12 ambulatory boys age 4–7 with confirmed DMD and out-of-frame rod-domain deletions. The package is:
- Pre-treatment vastus lateralis biopsies: 0–3% of healthy-control dystrophin by quantitative Western blot using MANEX1A against the N-terminal actin-binding domain.
- 12-week post-treatment contralateral vastus lateralis biopsies: mean micro-dystrophin 38% of healthy control (range 18–61%) by the same Western blot, normalized to total protein by Coomassie staining.
- Post-treatment immunofluorescence: sarcolemmal signal in 75–95% of fibers using a polyclonal anti-dystrophin C-terminal antibody.
- 48-week function: mean NSAA change +1.4 points from baseline versus −0.6 in an external published natural-history registry cohort (p = 0.03 by unpaired t-test).
- Safety: transient transaminitis in 8/12 patients managed with steroid taper; one resolved myocarditis; no deaths.
- Biodistribution/persistence: AAV9 vector genomes detectable in muscle at 12 weeks at a mean of 2.3 vector genomes per nucleus.
- Eligibility: no baseline anti-AAV9 neutralizing antibodies (titer <1:400) and no exon-44 deletions.
Please pressure-test this package item by item: where would FDA or a skeptical reviewer say the evidence, as presented, fails to support our conclusion, and what additional data, analyses, or design changes would be needed to close those gaps if possible? For anything not specified, assume what is known from other clinical-grade 138 kDa micro-dystrophin programs and relevant clinical trials through December 31, 2025 also applies.
Odgovor kandidata
Zaključak: Kako je prikazan, ovaj paket nije dovoljno snažan da podrži ubrzano odobrenje na temelju ekspresije mikrodistrofina kao surogatne krajnje točke za koju je razumno vjerojatno da predviđa kliničku korist. Skeptični recenzent FDA-e vjerojatno bi smatrao da su dokazi o biomarkeru, funkciji, trajnosti, sigurnosti i mogućnosti generalizacije znatno nedostatno potkrijepljeni.
Stavka paketa | Ključni način neuspjeha | Što bi bilo potrebno |
|---|---|---|
Kvantifikacija Western blotom | MANEX1A veže N-terminalni epitop koji dijele endogeni distrofin pune duljine i transgen mikrodistrofina, pa test ne razlikuje čisto transgen od rezidualnog/revertantnog distrofina. Kvantificiranje mikrodistrofina od 138 kDa prema standardu zdravog distrofina pune duljine također je nevaljano. | Upotrijebite rekombinantni standard mikrodistrofina i ortogonalnu metodu koja razlikuje transgen od endogenog distrofina, poput ciljane masene spektrometrije ili testa specifičnog za transgen/epitop. |
Imunofluorescencija | C-terminalno poliklonsko antitijelo nije prikladno jer konstruktu od 138 kDa nedostaje C-terminalna domena. Mnogi pacijenti s DMD-om imaju revertantna vlakna, a revertantni distrofin može zadržati C-terminalne epitope. Revertantna vlakna mogu se klonalno širiti s dobi, što može pristrano povećati IF signal, osobito u starijih dječaka. | Ponovite IF s antitijelom protiv epitopa prisutnog u transgenu, ali odsutnog iz revertantnog distrofina. Kvantificirajte transgen-pozitivna vlakna odvojeno od revertantnih vlakana. |
Valjanost surogatne krajnje točke | Paket izjednačava količinu proteina s kliničkom funkcijom. „38 % proteinske mase zdrave kontrole“ ne znači 38 % normalne funkcije distrofina jer je mikrodistrofin strukturno skraćen. | Empirijski validirajte odnos između masenog postotka mikrodistrofina, sarkolemalne lokalizacije, nizvodne funkcionalne obnove i kliničke koristi prije tretiranja ekspresije kao surogatne krajnje točke. |
Dizajn biopsije | Kontralateralne biopsije vastus lateralisa prije i poslije liječenja uvode lijevo-desnu i intramuskularnu prostornu varijabilnost. Napredovanje bolesti i fibro-masna zamjena također mogu promijeniti signal normaliziran na ukupni protein. | Standardizirajte mjesto biopsije dosljednim anatomskim orijentirima, normalizirajte na mišićno specifične proteine i paralelno mjerite fibro-masni sastav. |
NSAA komparator/statistika | Vanjska kohorta prirodnog tijeka bolesti nije randomizirana istodobna kontrola. Kriteriji uključivanja u ispitivanje, potporna skrb, učinci sudjelovanja, početni NSAA, režim steroida, dob i klasa egzona mogu pristrano utjecati na usporedbu. T-test za neovisne uzorke nije dovoljan. Također, promjena NSAA od +1,4 unutar je varijabilnosti ponovljenog testiranja u ovoj dobnoj skupini. | Provedite randomiziranu istodobnu placebo-kontroliranu studiju ili barem primijenite prilagođene analize koje uzimaju u obzir početni NSAA, dob, režim steroida, klasu egzona i druge zbunjujuće čimbenike. |
Zbunjujući učinak dobnog prozora | Dječaci u dobi 4–7 godina nalaze se u razvojnom prozoru u kojem neliječeni ambulantni pacijenti s DMD-om mogu poboljšavati motoričku funkciju prije nego što počne prevladavati pad. Promjena NSAA tijekom 48 tjedana miješa razvojni napredak, napredovanje bolesti i mogući učinak liječenja. | Upotrijebite istodobnu randomiziranu kontrolu sa stratifikacijom po dobi kako biste odvojili razvojnu putanju od učinka liječenja. |
Prethodni klinički presedan | Funkcionalni signali mikrodistrofina u otvorenim ispitivanjima nisu pouzdano predvidjeli potvrđujuću korist; objavljeni presedan uključuje potvrđujuća ispitivanja genske terapije mikrodistrofinom koja nisu reproducirala poboljšanja NSAA iz otvorenih ispitivanja. | Ne oslanjajte se na promjenu NSAA u otvorenom ispitivanju kao odlučujuću potporu. Zahtijevajte kontrolirane funkcionalne dokaze. |
Strukturna ograničenja konstrukta | Konstrukt od 138 kDa briše spektinske ponavljajuće domene R16/17, koje sadrže mjesta vezanja nNOS-a. Gubitak regrutacije nNOS-a može narušiti funkcionalnu simpatolizu i zaštitu od ishemije tijekom vježbanja, stvarajući mehanističko ograničenje učinka spašavanja neovisno o razini ekspresije. | Dodajte mehanističke studije koje pokazuju obnavlja li ovaj specifični konstrukt relevantnu funkciju kompleksa povezanog s distrofinom, lokalizaciju nNOS-a, fiziologiju vježbanja i zaštitu mišića. |
Trajnost AAV-a | Genomi vektora nakon 12 tjedana ne uspostavljaju trajnu ekspresiju. Genomi AAV9 uglavnom su neintegrirajući episomi i mogu se s vremenom smanjivati. Postojanost genoma vektora nije isto što i postojana ekspresija proteina. | Mjerite longitudinalnu ekspresiju transgenskog proteina i trajnost funkcionalnih biomarkera nakon više od 12 tjedana. |
Imunosni/sigurnosni profil | Transaminitis u 8/12 pacijenata u skladu je s imunosnim odgovorom na stanice transducirane AAV-om, ali mehanizam nije utvrđen. Jedan slučaj miokarditisa zabrinjava s obzirom na srčani tropizam AAV9. | Pružite dublje imunosno praćenje, karakterizaciju sigurnosti jetre/srca i pojačano kardiološko praćenje. |
Odabir pacijenata/generalizabilnost | Isključivanje pacijenata pozitivnih na neutralizirajuća protutijela protiv AAV9 ograničava generalizabilnost. Isključivanje delecija egzona 44 ograničava primjenjivost na tu podskupinu DMD-a. n=12 je premalo za karakterizaciju sigurnosti i učinkovitosti u široj DMD populaciji. | Proširite prihvatljivost gdje je moguće ili unaprijed specificirajte stratificirane analize prema statusu protutijela, genotipu/klasi egzona, dobi i početnoj funkciji prije korištenja rezultata za potporu širokom odobrenju. |
Regulatorni zaključak: Paket može pokazivati biološku aktivnost, ali još ne utvrđuje da je izmjerena ekspresija mikrodistrofina pouzdana surogatna krajnja točka za koju je razumno vjerojatno da predviđa kliničku korist. Glavni nedostaci odnose se na specifičnost testa, nevaljane standarde kvantifikacije, moguće zbunjujuće učinke revertantnih vlakana, nedostatak randomizirane kontrole, zbunjujući učinak dobi na NSAA, neizvjesnu trajnost i neriješena pitanja sigurnosti/mogućnosti generalizacije.
Kako bi se ti nedostaci uklonili, program bi trebao kontroliran, dobno stratificiran klinički dizajn s testovima ekspresije specifičnima za transgen, ortogonalnom kvantifikacijom proteina, kontrolama sastava tkiva, longitudinalnim podacima o trajnosti, mehanističkim funkcionalnim testovima za skraćeni konstrukt i snažnijim sigurnosnim praćenjem, osobito jetrenim i srčanim.
Kriteriji ocjenjivanja i ocjene
GPT‑Rosalind postiže vodeće performanse u sektoru u medicinskoj kemiji, području usmjerenom na pretvaranje molekula u korisne lijekove. MedChemBench smo osmislili tako da odražava realne tijekove rada u medicinskoj kemiji, procjenjujući multimodalno razumijevanje kemijske strukture; odnos strukture i aktivnosti (SAR); predviđanje potentnosti, toksičnosti te apsorpcije, distribucije, metabolizma i izlučivanja lijeka (ADME); donošenje odluka o višeparametarskoj optimizaciji vodećih spojeva; i retrosintezu. GPT‑Rosalind nadmašuje GPT‑5.5 na MedChemBenchu s 27,5 % naspram 25,1 %, uz 7,2 % manje tokena.
GPT‑Rosalind pokazuje bolju multimodalnu sintezu i mehanističko rasuđivanje u medicinskoj kemiji.
Na GeneBenchu, našoj agentskoj evaluaciji dugoročnih, cjelovitih analiza u genomici i kvantitativnoj biologiji, GPT‑Rosalind koristi 31 % manje tokena od GPT‑5.5, a postiže veću točnost od 21,6 % naspram 20,4 %. GeneBench procjenjuje agentske performanse na dugoročnim kvantitativnim zadacima: na temelju realističnih znanstvenih podataka, može li agent planirati valjanu analizu, QC, modeliranje i korekcije kako bi došao do odgovora relevantnih za odluke? Uključeni problemi obuhvaćaju razna područja, uključujući funkcionalnu genomiku, prostornu transkriptomiku, proteomiku, epigenomiku i primijenjenu genetiku.
GPT‑Rosalind koristi 31 % manje tokena od GPT‑5.5, uz poboljšanje točnosti.
Uvodimo novu evaluaciju za testiranje sposobnosti GPT‑Rosalinda da pomogne znanstvenicima koji provode laboratorijski rad u stvarnom svijetu. LabWorkBench testira sposobnost modela da poveže perturbacije s eksperimentalnim ishodima u stvarnim protokolima mokrog laboratorija koje koriste znanstvenici, u rasponu od rješavanja problema do optimizacije. Podaci koje koristi LabWorkBench vlasnički su i stoga nekontaminirani. GPT‑Rosalind postiže 63,2 % naspram GPT‑5.5 s 55,8 %, uz 5,3 % manje tokena.
U pomoći pri stvarnim protokolima mokrog laboratorija GPT‑Rosalind pokazuje znatna poboljšanja u odnosu na GPT‑5.5, uz bolju učinkovitost tokena.
Izradili smo dodatke Life Sciences Research(otvara se u novom prozoru) i Life Sciences NGS Analysis(otvara se u novom prozoru) kako bismo povećanu inteligenciju GPT‑Rosalinda proširili praktičnim slojem izvršavanja za ponovljive znanstvene tijekove rada. Zajedno ti dodaci u isti radni prostor donose dohvaćanje dokaza s navedenim izvorima, biološko tumačenje i bioinformatičko izvršavanje, pomažući istraživačima povezati vanjske dokaze s internim omics analizama uz očuvanje artefakata i podrijetla. Svi korisnici sada mogu pristupiti obama dodacima putem Codexa. Kvalificirani poslovni korisnici GPT‑Rosalinda mogu dodatno upotrebljavati GPT‑Rosalind za pokretanje tih dodataka.
Kako bismo bolje iskoristili Codex kao dinamičku radnu klupu za znanstvenike, dodali smo interaktivne preglednike za vrste datoteka svojstvene biologiji. Početni skup preglednika sekvenci, poravnanja i struktura osmišljen je da znanstvenike drži blizu dokazima dok GPT‑Rosalind rasuđuje kroz tijek rada i izravno odgovara na dodatna pitanja koristeći aktivni preglednik u kontekstu.
Gornji demo prikazuje te mogućnosti na djelu, orkestrirane GPT‑Rosalindom. Pratimo znanstvenika koji istražuje tekuću biopsiju tumora kako bi identificirao mutacije i druge molekularne promjene koje bi mogle usmjeriti liječenje. Dodatak Life Sciences NGS Analysis pretvara pregled obrađenih ctDNA zapisa u interaktivnu bilježnicu, ističući ponavljajuće promjene, nalaze niske učestalosti i putanje uzoraka koje usmjeravaju istraživanje na KRAS G12C. Odande dodatak Life Sciences Research dodaje kontekst ciljeva, inhibitora i rezistencije s navedenim izvorima, dok izvorni preglednici sekvenci, poravnanja i struktura znanstveniku omogućuju izravan uvid u mutirani ostatak 12, njegovu očuvanost u obitelji RAS i džep s vezanim inhibitorom. Tijek rada završava pretvaranjem tih dokaza u konkretne mogućnosti za daljnje postupanje, pri čemu su svaki korak i artefakt dostupni za stručni pregled.
Dodatak Life Sciences NGS Analysis
QC i anotacija scRNA-seq-a
Pretvorite paket matrica u stilu 10x u QC-filtrirane jednostanične artefakte, anotacije i UMAP-ove koje možete pregledati i revidirati u Codexu. Dodatak Life Sciences NGS Analysis usmjerava zahtjev na scrna-seq-qc, bira QC pragove iz podataka, čuva podatke o podrijetlu povezane s filtriranjem i anotacijom te ističe blokatore kao što su ovisnosti koje nedostaju za otkrivanje dubleta.
QC skupnog RNA-seq FASTQ-a
Pretvorite skupnu RNA-seq tablicu uzoraka, FASTQ paket i referentne datoteke u paket brojeva očitanja pregledan QC-om koji možete pregledati i ponovno upotrijebiti u Codexu. Dodatak Life Sciences NGS Analysis usmjerava zahtjev, validira ulaze i vraća provjerljiv paket izvođenja s MultiQC-om, Salmon matricama, podacima o podrijetlu i jasnim napomenama o ograničenjima.
Proširujemo pristup seriji GPT‑Rosalind na prihvatljive organizacije diljem svijeta. GPT‑Rosalind bit će dostupan u istraživačkom pretpregledu putem naše strukture implementacije s pouzdanim pristupom za organizacije koje provode legitimna znanstvena istraživanja s jasnom javnom koristi, imaju snažno upravljanje i nadzor sigurnosti te kontrolirani pristup sigurnošću na razini velikih organizacija.
U sklopu ovog globalnog proširenja, Drago nam je što možemo podržati misiju Novo Nordiska da brže donosi inovativne mogućnosti liječenja pacijentima, pomažući proširiti njihova medicinska istraživanja uz GPT‑Rosalind. Novo Nordisk koristi napredne AI mogućnosti kako bi pomogao istraživačima analizirati složene skupove podataka, otkrivati korisne obrasce i brže testirati hipoteze. Snažnije biološko razumijevanje GPT‑Rosalinda pomoći će timovima povezati dokaze iz literature, genomike, transkriptomike, sekvenci, struktura i eksperimentalnih rezultata, olakšavajući prijelaz od podataka do jasnijih istraživačkih odluka.
„Istraživanje u znanostima o životu složeno je, bogato podacima i interdisciplinarno. Kako bi pružili stvarnu vrijednost istraživačima, napredni AI modeli moraju biti utemeljeni na pouzdanim znanstvenim podacima, povezani s validiranim alatima i integrirani u stvarne tijekove rada koje istraživači svakodnevno koriste. Zadovoljni smo partnerstvom s OpenAI-jem i prilikom da istražimo kako GPT‑Rosalind može podržati rigoroznije, praktične pristupe otkrivanju lijekova.“
Mishal Patel, potpredsjednik grupacije za AI i digitalne inovacije, istraživanje i razvoj – Novo Nordisk
Sada nudimo i radni prostor kojim upravlja OpenAI za kvalificirane organizacije bez Enterprise računa.
Ažurirani GPT‑Rosalind sljedeći je korak u našoj široj predanosti razvoju AI sustava koji mogu pomoći ubrzati znanstvena otkrića, uz osiguranje da se napredne biološke sposobnosti implementiraju uz odgovarajuće zaštitne mjere. Nastavit ćemo poboljšavati biološko rasuđivanje modela, širiti podršku za istraživačke tijekove rada koji se intenzivno oslanjaju na alate i odvijaju kroz dulje horizonte te surađivati s kvalificiranim organizacijama u različitim regijama radi procjene stvarnog učinka.
To također znači primjenu AI-ja za znanosti o životu na rad od velike javne koristi, od otkrivanja lijekova i translacijske medicine do javnog zdravlja, pripravnosti i bioobrane. Putem Rosalind Biodefense i našeg modela implementacije s pouzdanim pristupom nastojimo staviti napredne biološke sposobnosti u ruke istraživača, institucija i stručnjaka za bioobranu koji rade na poboljšanju ljudskog zdravlja koji rade na poboljšanju ljudskog zdravlja i jačanju društvene otpornosti.
Nastavit ćemo razvijati GPT‑Rosalind kako bi postao sposobniji partner kroz cijeli životni ciklus znanstvenog istraživanja, pomažući znanstvenicima da brže prijeđu od pravih pitanja do jasnijih dokaza, boljih eksperimenata i, naposljetku, novih terapija za pacijente.
Nastavite čitati
