Life Sciences NGS Analysis
Definición guiada de rutas NGS y ejecución local para análisis de secuenciación
- Capacidades
- Interactive, Read, Write
- Categoría
- Educación
- Desarrollador
- OpenAI
- Sitio web
- (se abre en una nueva ventana)
Cómo funciona
Un complemento guiado para recopilar datos, definir rutas y ejecutar flujos de trabajo de secuenciación de nueva generación. Ayuda a Codex a inspeccionar datos locales de secuenciación, preguntar solo lo que falte para el ensayo, elegir paquetes públicos o de libre acceso que puedan instalarse durante la ejecución cuando sea posible, comprobar la disponibilidad de herramientas antes de instalarlas y ejecutar flujos de trabajo locales compatibles con validación, registros, manifiestos, informes de QC e índices de artefactos. Incluye criterios de decisión avanzados para la demultiplexación de BCL; la ejecución e interpretación del QC de FASTQ; las variantes de ADN germinales, somáticas y de paneles con UMI; la generación de conteos y la expresión diferencial de RNA-seq en masa; ATAC-seq; ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag; y el QC integrado de scRNA-seq posterior al conteo.
¿Qué más puedes hacer?
Revisar la calidad de la secuenciación
Análisis NGS de ciencias de la vida: inspecciona estos datos de secuenciación y aclara el objetivo del análisis. Elige un flujo de QC compatible, verifica los requisitos previos e interpreta los informes finales con los artefactos guardados.
Planificar el análisis de secuenciación de ARN
Análisis NGS de ciencias de la vida: revisa los datos y el diseño de este estudio de RNA-seq en masa. Recomienda un flujo de análisis compatible, identifica los metadatos faltantes y explica las verificaciones necesarias antes de ejecutarlo.
Interpretar los resultados de secuenciación
Análisis NGS de ciencias de la vida: revisa estos resultados finales del análisis de secuenciación. Resume los problemas de calidad y los resultados, distingue los hallazgos de las suposiciones y cita los archivos de respaldo.
Qué incluye
Skills
- Amplicon Microbiome
- NGS Router
- ATAC-seq Peaks QC
- BCL to FASTQ
- Bulk RNA-seq
- Bulk RNA-seq Counts
- Bulk RNA-seq DE
- ChIP/CUT&RUN Peaks QC
- 10 más
Recursos
Agrega el complemento Life Sciences NGS Analysis en unos pocos clics
La disponibilidad depende del complemento, tu plan y la configuración del espacio de trabajo. Algunas conexiones requieren configuración o aprobación del administrador. Ponte en contacto con el administrador de tu espacio de trabajo si el acceso está bloqueado.
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